いやぁ，難解だった．
2015/10/18 追記！注意！
これは，俺が GTK テーマの正しいインストール方法を知らなかった時に書いたその場しのぎの設定を行うための記事です．
そうではなくて，GTK で UI を実装したアプリケーション全てに対して常に適用されるような，正しい GTK テーマの適用方法を別の記事で解説しています．その場しのぎでない解決策をお求めの方は「【Ubuntu】GTK テーマを全体に適用するには？」の記事を参照してください！
まずは結論から！
これを端末で入力すればいいだけ．(参考)
$ GTK2_RC_FILES=/path/to/your/theme/gtkrc application-command
これは汎用的な書き方をしてるので，実際にこの文字列を入力してもできないよ．俺は GIMP のスキンテーマを持っていて，それと同じものを使いたいので，このように入力したよ．
$ GTK2_RC_FILES=/usr/share/gimp/2.0/themes/Woodoo_Dark_and_Blue/gtkrc inkscape
これは GIMP 用のスキンテーマなので，Inkscape にも同様に適用していいのかちょっと不明だけど，基本的には動作に問題はないと思う．ということで，俺はこのまま使おうかな．ちなみに「Woodoo_Dark_and_Blue」のスキンテーマ自体はここでダウンロードできるよ．
分かるとは思いますが，これを格納したディレクトリを指すように，端末でコマンドを入力してね．
問題点もあるね
この方法を使えば Inkscape を暗くて選択箇所だけが青く表示されるような，かっこいいスキンテーマで使うことができる！でもこの設定 はInkscape に保存されるわけじゃないみたいで，次に通常起動するとまたデフォルトの明るい灰色のつまんない UI で表示されてしまいます．．．この設定方法を保存するやり方を知りたいね．まぁ調べたら分かりそうな気もするけど．
俺の場合は cairo-dock というランチャーアプリを使っているので，面倒は回避できてます．このアプリは画面下部に MacOS 風のランチャーやタスクバーを表示してくれるアプリ．「アプリアイコンをクリックしてそのアプリを起動する」というのが通常の使い方だと思うけど，その他にも「アプリアイコンをクリックしたら，所定のコマンドを端末上で実行する」ということができるんだよね．ということで，こんなふうに設定して使ってます．
これが cairo-dock の設定画面．Inkscape のアイコンをクリックしたら，先ほどのコマンドを実行するように設定してあるのです．このようにして，Inkscape 自身がスキンテーマを記憶してくれないことを回避してます．何かいい方法があったら教えてくださいな．．．！
オマケ～アプリのフォントとアイコンをカスタマイズする～
アプリのスキンテーマを変更する方法を教えてくれたブログに，アプリのアイコンとフォントを変更する方法も載ってました．試してないし，俺は詳しくないので詳細には説明できません！元ブログを読んでくださいね！元のブログはこちら．
更にちなみに！この「Woodoo_Dark_and_Blue」というテーマは本来 GIMP 用に開発されたスキンテーマ．だから GIMP で使うと最高にかっこいい．上に参考の画像を載せたけど．Inkscape も GIMP みたいに簡単にスキンテーマを変更できるようにならないかなぁ．絶対その需要あると思うんだよね．だって「Inkscape theme」とか「Inkscape テーマ」とか「Inkscape skin」とかググるとすごくたくさんヒットするよ．その大抵が Windows 用の情報だから大変だったんだよね．．．
2015/10/18 追記！注意！
冒頭にも書きましたが，これは俺が GTK テーマの正しいインストール方法を知らなかった時に書いたその場しのぎの設定を行うための記事です．
そうではなくて，GTK で UI を実装したアプリケーション全てに対して常に適用されるような，正しい GTK テーマの適用方法を別の記事で解説しています．その場しのぎでない解決策をお求めの方は「【Ubuntu】GTK テーマを全体に適用するには？」の記事を参照してください！